Сюжет разворачивается после окончания событий игры "S.T.A.L.K.E.R." и уничтожения Стрелком проекта "О-Сознание".
Узнав об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль. Операция получает кодовое название "Фарватер". Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, чтобы впоследствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинутся основные силы военных.
Несмотря на тщательную подготовку, операция терпит фиаско. Большинство вертолетов из ударной группы разбивается.
С целью сбора информации о причинах провала операции, Служба безопасности Украины направляет своего агента в центр Зоны...